2004年6月被浙江省衛生廳增掛“浙江省立育英醫院”牌子。

2005年8月購買溫州心血管病醫院，新增醫療用房建筑面積36996平方米和420張床位，設為溫醫附二院南浦院區。醫院現共有48個病區，41個臨床科室、60多個專科門診。2006年門急診量173萬人、年出院人數47492人，現有總床位數1693張。

醫院擁有2個浙江省高校重點扶植學科：兒科學和麻醉學。浙江省衛生廳醫學重點學科5個：兒科學(小兒呼吸)、骨外科學（脊柱、顯微外科）、圍產醫學、麻醉學、康復醫學；浙江省衛生廳醫學重點扶植學科1個：小兒普通外科學；浙江省中醫藥管理局重點建設學科1個：中西醫結合肛腸病學科；浙江省中醫藥重點扶植學科：中西醫結合小兒腎內科；浙江省中醫藥局重點專科：頸腰椎病專科、中西醫結合腦血管病專科、中西醫結合脊柱康復、小兒厭食癥專科。醫院設有15個研究室和8個醫學院級以上醫療中心（浙江省小兒呼吸疾病診療中心、浙江省脊柱外科中心、中華醫學會疼痛分會第八臨床中心、溫州市小兒麻痹矯治中心、溫州市麻醉質控中心、溫州市中西結合肛腸治療中心、溫州市交通事故急救中心和全國針炙醫療研究溫州分中心）。

第二臨床醫學院以醫院為依托，承擔臨床醫學、麻醉學、中醫學以及康復治療系的臨床教學任務和2557名學生的管理工作。每年接受來自全國各地高等醫學院校的本、專科實習人員400多人次。1999年開始接受澳大利亞、奧地利、美國等外國幾所大學醫學院留學生實習。內科、外科、婦產科、兒科、麻醉科、骨科、眼科、耳鼻咽喉科、影像科、臨床病理科、檢驗科等招收碩士研究生。2006年1月溫州醫學院獲得了博士學位授予權，同時，眼科、外科、婦產科成為博士點。

目前職工2472人，其中：醫生758人，護理人員1105人，醫技人員151人，藥劑人員96人，行政后勤327人。醫院的 職稱256人，中級職稱381人；博士26人，碩士230人；博導4人，碩士生導師61人。

2016.6.24本公司對其動物實驗室進行一個凈化實驗室的改造。